北京大学医学部将博士研究生分为两种类型：
一类是攻读医学科学(理学)博士学位研究生(招生目录中除“临床医疗技能训练与研究”以外的研究方向)，以培养从事基础理论或应用基础理论研究人员为目标，侧重于学术理论水平和实验研究能力的培养，学生毕业时授予“医学科学”或“理学”博士学位;
一类是医学专业学位(招生目录中研究方向为“临床医疗技能训练与研究”)，以培养高级临床医师、口腔医师应用型人才为目标，侧重于从事临床医疗工作能力的培养。学生毕业时，达到学位授予标准者授予临床医学或口腔医学博士专业学位。
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