在复旦2007年度医学院博士生招生新办法中，报考除公共卫生学院、药学院外的医学类专业博士生，必须详实提供7份申请材料，包括学习和从事临床或科学研究的、学位论文、已有科研成果、专利、发表论文等、拟攻读博士学位的科学研究计划书、两位具有正高职称出具的等。作为申请制中特别重视的一环，科研计划书不得少于5000字。
复旦大学上海医学院副院长袁正宏教授告诉，这一在国外颇为普遍的做法，能够有效避免考生考博的盲目性。他认为，以往短短的面试很难全面考查考生的综合素质和科研兴趣，这些年也出现一些考生为目的报考博士的现象。提交计划书可帮助导师了解考生，“从科研计划书中，希望看到考生对报考方向的认识，并提出一些将来开展研究的思路、想法。”
复旦医学院将依据初试成绩及对考生申请材料的综合评估，确定差额复试名单，从而加强对考生综合素质、临床技能或科研能力的考查。复旦院有关负责人认为，单纯依靠笔试成绩判断一个考生并不全面，申请制避免了一考定终身，给导师群体更多自主权，从而选拔那些真正有潜力和兴趣的考生。他透露，如果试行效果好，申请制还将向其他专业推广。
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